Yak-6 được sử dụng với hiệu quả rất lớn ở tiền tuyến, nó được sử dụng để vận chuyển (mang được đến 500 kg hàng hóa), hoặc như một máy bay ném bom ban đêm hạng nhẹ và cung cấp hàng tiếp tế. Từ năm 1944, đa số hoạt động trong VVS được thực hiện như một máy bay tiện ích chung.